武汉大学纪检监察机构内设5个室，分别为办公室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、第三纪检监察室、综合业务室。其中，办公室按正处级机构设置，第一纪检监察室、第二纪检监察室、第三纪检监察室、综合业务室按副处级机构设置。各室主要职责如下：
1.办公室
负责纪检监察机构日常工作运转及综合协调；组织重要会议及活动；组织起草计划总结、工作报告及领导讲话等重要文稿；承担文件收发流转、安全保密、服务保障等工作；组织开展调查研究、宣传信息、信息化工作及制度建设等；协调开展警示教育、廉洁教育、廉洁文化建设；负责纪检监察干部管理和监督工作，组织开展专兼职纪检干部教育培训等。
2.第一纪检监察室
综合监督所有学院、独立的科研机构，共涉及31个学院、16个自然科学类科研机构、13个人文社科类科研机构。强化政治监督，重点加强对人才培养、科学研究、师德师风、意识形态等监督，主要履行问题线索处置、审查调查、以案促改等职责；负责上述单位的干部廉政档案建设和党风廉政意见回复工作。
3.第二纪检监察室
综合监督党政职能部门、群团组织和直属单位，共涉及26个党政职能部门、2个群团组织、8个直属单位。强化政治监督，重点加强对职能监督的再监督、服务保障及重要领域的监督，主要履行问题线索处置、审查调查、以案促改等职责；负责上述单位的干部廉政档案建设和党风廉政意见回复工作。
4.第三纪检监察室
综合监督经营性单位、附属医院、驻外机构等，共涉及3个经营性单位，3家附属医院，3个驻外研究院等。强化政治监督，加强对重点领域和关键环节的监督，主要履行问题线索处置、审查调查、以案促改等职责；负责上述单位的干部廉政档案建设和党风廉政意见回复工作。
5.综合业务室
负责信访举报接收受理、筛选办理、检查督办和综合分析等；负责案件监督管理工作，加强线索管理协调、督促办理、统计分析等；负责案件审理工作；负责党风政风监督工作。
